Nach jahrelangen Diskussionen führte die Hessische Landesregierung im Herbst 2003 Studiengebühren für die sogenannten Langzeitstudent:innen (jene, die das Eineinhalbfache der Regelstudienzeit überschreiten) ein, die schon ab dem Sommersemester 2004 gezahlt werden mussten. Die Student:innen in Kassel organisierten zahlreiche Protestaktionen und der Senat der Universität lehnte die Einführung in einer Stellungnahme ab. Die Einführung der Studiengebühren stand auch in Verbindung mit einem drastischen Sparpaket, das die Landesregierung nach Einnahmeeinbrüchen für alle Bereiche des Landeshaushaltes verkündete und auch die Zusagen aus dem Hochschulpakt 2002 kürzte.
Zum Wintersemester 2007/08 mussten alle Student:innen Studiengebühren in Höhe von 500 Euro zahlen. Die Finanzierung der Hochschulen sollte so verbessert und das Geld in konkrete Maßnahmen zur Qualitätssteigerung von Studium und Lehre fließen. Nach der Landtagswahl 2008, bei der die CDU ihre absolute Mehrheit verlor, wurden die Studiengebühren mit den Stimmen von SPD, Grünen und Linken ab dem Wintersemester 2008/09 wieder abgeschafft.