1978/79 nahm das Wissenschaftliche Zentrum für Psychoanalyse, Psychotherapie und psychosoziale Forschung seine Arbeit auf. Im Zuge der Umstrukturierung beschloss der Fachbereich Erziehungswissenschaft/Humanwissenschaften 1995 die Gründung eines eigenständigen Instituts für Psychoanalyse. Die Institutsgründung stand auch in Zusammenhang mit der institutionellen Neuordnung des Sigmund-Freud-Instituts in Frankfurt am Main. Als Stiftung öffentlichen Rechts arbeitete das Frankfurter psychoanalytische Forschungsinstitut eng mit der dortigen Goethe-Universität und mit der Universität Kassel zusammen.